La idea de crear un Museo de Historia Natura surgió en 1837, apenas siete años después de la jura de la primera Constitución del país. El 4 de septiembre de 1837, un Decreto del Ministerio de Gobierno creaba una Comisión encomendada de organizar una Biblioteca y un Museo de Historia Natural.
Su objetivo es investigar, conservar y divulgar las ciencias naturales del patrimonio de la Nación, con la finalidad de lograr mejorar la calidad de la vida de la comunidad a través del conocimiento de estas disciplinas. El Museo es una institución del Poder Ejecutivo dependiente de la Dirección Nacional de Cultura (DNC) del Ministerio de Educación y Cultura (MEC).